Die Universität ist neben den zentralen Einrichtungen in acht verschiedene Fakultäten aufgeteilt.
- KThF - Katholisch-Theologische Fakultät
- WiWi - Wirtschaftswissenschaftliche Fakultät
- Jura - Juristische Fakultät
- PhilSoz - Philosophisch-Sozialwissenschaftliche Fakultät
- PhilHist - Philologisch-Historische Fakultät
- MNTF - Mathematisch-Naturwissenschaftlich-Technische Fakultät
- FAI - Fakultät für Angewandte Informatik
- Med - Medizinische Fakultät